국세청은 올해부터 ‘연구·인력개발비(R&D) 세액공제'가 적정한지 여부를 사전에 확인해주는 제도를 운용한다고 13일 밝혔다.

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전, 새 서비스 개발, 임직원 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 다른 기관과 공동연구하면서 인건·재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 지원 제도이다. 이 제도는 기업입장에서 절세 효과가 크지만, 세액공제 해당 여부나 공제 가능 금액을 놓고 과세 관청과 기업 간 이견과 갈등도 끊이지 않고 있다. 추후 세무조사 등을 통해 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 기업은 수년간 공제받은 금액에다 가산세까지 덧붙여 내야 해 부담도 클 수밖에 없다.

2018년 기준으로 세액공제를 받은 곳이 중소기업 2만8834곳을 포함해 3만여곳에 달한다.
이에 따라 올해부터는 국세청이 미리 이 공제에 해당하는지를 따져주겠다는 얘기다. 사전심사를 원하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문(세무서 민원봉사실·국세청 법인세과) 등을 통해 신청할 수 있다.

이미 지출한 관련 비용뿐 아니라 지출 예정 비용에 대한 사전 심사도 가능하다. 국세청 법인세과 연구개발 세정지원 태스크포스(TF)팀은 한국산업기술진흥원 등과 함께 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발 요건에 맞는지, 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 등을 검토한다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 해당 신고 건은 ‘내용 확인' 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세 처분이 이뤄져도 ‘과소신고 가산세'가 면제된다.

세무사신문 제764호(2020.1.16.)

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