'국내 미등록 특허권' 로열티 원천소득 인정 여부가 쟁점…1·2심 MS 승소

6천300억원 규모의 법인세 반환 여부를 놓고 미국 마이크로소프트(MS)와 한국 세무당국이 벌여온 소송전의 결론이 10일 나온다.

9일 법조계에 따르면 대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 MS사와 자회사 MS라이센싱이 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부처분 취소소송 상고심 선고기일을 10일로 정했다.

MS는 2011년 삼성전자에 안드로이드 기반 스마트기기 사업에 필요한 특허 사용권을 주고 사용료(로열티)를 받는 계약을 체결했다. MS나 MS 자회사들이 장래에 소유·통제할 특허까지 모두 포함하는 계약이다.

이후 삼성전자는 2012∼2015년 MS라이센싱의 계좌로 특허권 사용료를 보낸다. 4년 동안의 특허권 사용 대가는 약 4조3천582억원이었는데, 삼성전자는 한미조세협약에 따라 전체 금액의 15%인 6천537억원가량을 MS 측의 법인세로 세무당국에 납부(원천징수)했다. 특허 사용료를 주면서 일부를 세금으로 떼어놓은 셈이다.

MS는 2016년 세무당국에 '특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권 사용 대가는 국내 원천소득이 아니므로 원천징수 세액을 환급해야 한다'는 경정 청구를 한다.

2015년 기준 5만4천600여건인 MS의 전체 특허 중에서 국내에 등록된 특허는 1천733건이었다.

MS는 이를 토대로 원천징수세액 약 6천537억원 가운데 6천344억원을 돌려달라고 요구했으나 세무당국이 경정을 거부하자 2017년 소송을 제기했다.

1심과 2심은 한미조세조약을 적용하면 MS가 한국에 등록하지 않은 특허권의 사용료는 국내 원천소득으로 볼 수 없다며 MS 측의 손을 들었다.

법인세법은 외국법인이 국내에 등록하지 않은 특허권에 대한 사용료도 국내 원천소득으로 보도록 하지만, 국제조세조정법은 국내 원천소득을 구분할 때 조세조약을 우선 적용한다고 규정하기 때문이다.

하급심은 MS 측이 세액을 초과해 낸 법인세를 6천337억원으로 계산했다. 경정 청구액에서 국내 등록 특허권 부분 7억원을 더 덜어낸 금액이다. 다만 법원은 특허권 사용료를 지급받은 주체가 MS가 아니므로 경정 청구권은 MS라이센싱에게만 있다고 봤다.

대법원은 지난 2019년 9월 사건을 접수해 2년여 동안 심리를 진행해왔다.

상고가 기각돼 원심 판결이 확정될 경우 세무당국은 약 6천337억원을 MS라이센싱에 돌려줘야 한다. 반면 대법원이 세무당국의 손을 들어주거나 하급심 판결에 문제가 있다고 판단하면 2심 재판이 다시 열리게 된다.

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