"세법 개정된 조세지출 항목 빠짐없이 반영해야"
조세감면제도와 관련해 부당하게 조세를 감면해 주거나 미징수 사례, 자료관리 부실 등 곳곳에 '구멍'이 있는 것으로 드러났다.
감사원은 이러한 내용을 포함해 '조세감면제도 운용실태' 감사보고서를 25일 공개했다.
감사원은 기획재정부와 국세청 본청과 6개 지방국세청을 대상으로 감사한 결과 총 24건의 위법·부당사항을 적발했다.
기획재정부는 2012년부터 소관부처가 자율평가한 조세지출평가서를 한국조세재정연구원이 확인·점검하도록 조세지출평가제도를 운용하고 있다.
감사원은 2013∼2016년 부처의 자율평가 점수가 평균 87.4점인데 비해 조세연의 확인·점검 점수는 평균 41.6점으로 큰 차이가 있는데도 원인분석을 하지 않고 조세연의 점수를 평가서에 반영하지도 않는다고 지적했다.
또, 기재부는 조세지출예산서를 작성하면서 신설항목을 누락(31개)하거나 폐지항목을 과다하게 계상(12개)하는 등 '조세지출 정비실적'을 실제와 다르게 작성한 것으로 나타났다.
'2015년 조세지출' 집계에서는 국민건강보험료 등 사용자부담금에 대한 비과세의 경우 국민건강보험료·장기요양보험료·고용보험료 등 3개 자료를 합산해야 하는데도 고용보험료 금액을 누락하는 등 총 4천391억원을 누락했다.
'조세지출 귀착효과' 분석에서는 개인 귀착분 7천603억원을 법인 귀착분으로 잘못 분류하는 등 총 1조2천432억 원의 조세지출 수혜자 귀착을 잘못 분류했다. 조세지출 항목에 대한 수혜자별 실적을 귀착효과라 한다.
감사원은 기재부 장관에게 세법개정으로 신설·폐지된 조세지출 항목을 빠짐없이 조세지출예산서의 정비내역에 반영하고, 조세지출 실적을 적게 산정하거나 수혜자별 귀착효과를 사실과 다르게 분석하는 일이 없도록 하라고 주의 요구했다.
이 밖에 감사원은 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 부적정한 부분도 지적했다.
국세청은 일선 세무서가 창업중소기업 등의 세액감면 신고가 적정한지 점검하도록 하고 있으나 49개 세무서는 감면 기간(4년)을 초과했거나 창업요건을 미충족한 법인 등이 부당하게 감면 신고한 데 대해 점검을 하지 않았다.
이로 인해 감면 적용 기간을 초과한 23개 법인과 46명의 개인사업자가 총 29억 원을, 창업요건을 충족하지 못한 18개 법인이 총 3억3천만원의 세액을 부당하게 감면받았다.
감사원은 이번 감사를 통해 국세청장 등이 부족 징수된 법인세와 종합소득세 총 126억여원을 징수하도록 시정요구 또는 통보했다.
아울러 부당하게 이뤄진 투자세액 공제·연구인력개발비 세액공제·중소기업의 수도권과밀억제권역 밖 지역이전 세액감면·농어촌특별세 미징수 사례에 대해 법인세 등 총 81억여원을 징수하도록 시정요구 또는 통보했다.