조세심판원은 사업장별 구분경리의 경우 비감면사업의 귀속세액을 한도로 세액공제를 허용했으므로 세액공제액의 이월도 구분경리한 비감면사업에 한정해 이월된다고 보는 것이 합리적이라고 판단했다.

청구법인은 2006.8.2. K주식회사와 L주식회사가 각각 50%를 투자해 설립한 외국인투자기업으로 천연착색제 제조업을 등을 영위하고 있고, A공장과 B공장의 소득을 각각 구분해 경리하고 있다.

청구법인은 2011사업연도부터 2013사업연도까지(이하 ‘쟁점사업연도’라 한다)법인세를 신고하면서 외국인투자에 대한 세액감면(이하 ‘쟁점세액감면’이라 한다)을 적용해 감면사업과 비감면사업을 영위하고 있는데, 청구법인은 비감면사업에서 발생한 고용창출투자세액공제(이하 ‘쟁점투자세액공제’라 한다)액을 당해 사업연도 산출세액에서 공제하지 아니하고 이월했다.

청구법인은 비감면사업에서 발생한 쟁점투자세액공제액을 법인 전체의 산출세액(비감면사업은 귀속세액이 없으므로 결국감면사업의 귀속세액)에서 공제해야 한다고 해 2015.1.28. 처분청에 쟁점사업연도의 법인세 합계 ○○의 감액을 구하는 경정청구를 제기했다.

그러나 처분청은 감면사업과 비감면사업을 구분경리하는 경우 후자에서 발생한 투자세액공제는 동 사업에 귀속되는 세액을 한도로 하여야 하는데, 해당 세액이 없으므로 공제할 세액도 없다고 해 2015.7.31. 경정청구를 거부했다. 청구법인은 이에 불복, 2015.10.21. 심판청구를 제기하였다.

청구법인에 따르면 처분청은 사업별로 귀속되는 산출세액한도 내에서만 쟁점투자세액공제가 가능하다는 의견이나 이는 현행 법상 근거가 없다는 것이다. 따라서 비감면사업에서 발생한 투자세액공제는 외국인투자에 대한 세액감면과 중복적용이 가능하므로 처분청의 경정거부처분은 취소되어야 한다고 주장했다.

처분청에 따르면 감면사업과 비감면사업을 동시에 영위하는 사업자가 사업별로 구분경리를 하는 경우에는 사업별로 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용할 수 있으며, 사업별로 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용할 수 있어 사업별로 귀속되는 세액의 범위내에서 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용해야 한다고 봤다.

이에 따라 청구법인의 경우 쟁점사업연도에는 비감면사업에 귀속되는 소득 및 세액이 없으므로 투자세액공제를 적용할 수 없다는 의견을 냈다.

이에 대해 조세심판원은 사업장별 구분경리의 경우 비감면사업의 귀속세액을 한도로 세액공제를 허용했으므로 세액공제액이 이월도 구분경리한 비감면사업에 한정해 이월된다고 보는 것이 합리적이라고 판단했다.

따라서 심판원은 해당 사업연도 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 고용창출투자세액공제액이 있는 경우에서 이를 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월해 그 이월된 사업연도의 법인의 전체 산출세액이 아닌 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 안에서 공제하는 것이 옳다고 심리판단하고 경정결정(조심2015전5379, 2018.8.24.)을 내렸다.

세무사신문 제734호(2018.10.16)

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