5월 19일 공포된 제2차 코로나19 관련 조세지원제도 관련 조세특례제한법 시행령 개정안이 6월 2일자로 시행된다. 시행령에는 ‘선결제 참여 개인사업자·법인에 대한 세액공제’, ‘중소기업 반기 결손금 소득공제에 기납부세액 환급 특례’ 등이 신설됐다. 코로나19로 어려움을 맞은 중소기업과 소상공인들의 세 부담을 줄여주기 위한 이번 신설 제도의 구체적인 내용을 살펴보고자 한다. <편집자> * 자료제공 : [한국조세연구소]

 

Ⅰ. 중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례 신설(조특법 제8조의4)

1. 제도의 요지
기업의 결손금은 통상 다음 과세기간에 이월하여 다음 과세기간의 과세표준금액 및 세액 계산시 과세표준금액 계산과정에서 차감하여 세율을 적용하는 것을 원칙으로 하지만, 중소기업의 경우에는 이에 대한 예외를 인정하여 직전연도에 납부한 법인세결정세액에서 소급하여 환급받을 수 있도록 함으로써 법인세 및 종합소득세부담으로 인한 자금 부담을 지원하는 제도이다. 그런데 이번 코로나19 제2차 조세지원을 위해 개정된 결손금 소급공제는 중소기업에 대해 2020년의 경우 정기신고 이전에 반기결산 과정에서 발생한 결손금도 직전 과세기간의 법인세 및 종합소득세 결정세액에서 소급하여 공제해 주겠다는 것으로, 세 부담 감소를 위한 지원제도이다. [조세특례제한법 제8조의4(법률 제17254호, 2020.5.19 신설)]
이를 요약하면 다음과 같다.

 ① 중소기업으로서 ② 2020년 12월 31일이 속하는 과세기간에 ③ 과세기간이 6개월을 초과하여야 하고 ④ 직전과세기간 분 법인세 및 종합소득세 결정세액이 있어야 하며 ⑤ 환급대상기간인 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 개시 일부터 6개월이 되는 날까지 결산 결과 세법상 결손금이 발생하여야 하고 ⑥ 결손금 소급공제신청은 환급대상기간 경과 후 2개월 이내에 ⑦ 결손금소급공제신청서 및 부속서류를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 

2. 상세 내용
(1) 대상자 요건
① 중소기업으로서 2020.12.31이 속하는 과세기간의 직전과세기간 분 법인세 신고 및 종합소득세신고를 법정신고기한 내에 신고한 자에 한정된다.
② 직전 과세기간 분 법인세 및 사업소득에 대한 소득세 결정세액이 있는 자로서
③ 환급대상기간에 대한 6개월간의 결산 결과 세법상 결손금이 발생하여야 하고
④ 환급대상기간 경과 이후 2개월 이내에 결손금이 발생하였음을 입증한 결산서류 및 조정계산서류*를 첨부하여 결손금 소급공제신청서를 제출하여야 한다.
   * 외부조정계산서를 작성할 필요는 없으나, 반기 결손금이 적정하게 계산되었는지 여부를 판단하는 자료로서의 가치를 부여할 수 있다.

(2) 환급대상기간
‘환급 대상기간’은 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 해당 과세연도의 개시일로부터 6개월이 되는 날까지의 기간이다. 따라서 거주자인 경우에는 2020. 1. 1.부터 2020. 6. 30.까지 이지만, 법인의 경우에는 법인마다 사업연도가 다르기 때문에 환급대상기간도 사업연도기간에 따라 다르다.*
12월말 법인의 경우에는 2020. 1. 1.∼2020. 6. 30까지 이고, 3월말 법인의 경우는 2020. 4. 1.∼2020. 9. 30까지이며, 6월말 법인의 경우에는 2020. 7. 1.∼2020. 12. 31까지가 된다.
* 조세특례제한법 시행령 제7조의3 제1항 제1호에서 환급대상기간을 정하고 있고, ‘이하 이조에서 같다’라고 함으로써 거주자와 같이 2020.1.1.―2020.6.30일 까지 확정한다고 볼 수도 있으나, 법인의 경우 사업연도가 다르므로 2020년 12월 31일이 속하는 사업연도의 사업연도 개시일로부터 6개월까지의 기간을 환급대상기간으로 보는 것이 입법 취지에 적합한 합리적인 해석이라 할 수 있다.

(3) 직전기 과세표준금액에서 소급 공제 가능한 결손금
당기 공제대상기간에서 발생한 세법상 결손금에 과세기간 월수/ 6을 적용한 금액
 
(4) 결손금 소급공제 결과 환급되는 세액 계산 = ② - ③ ≤ ①
  ① 한도 : 전기 법인세 결정세액 또는 전기 종합소득세 결정세액 중 사업소득분 세액 
  ② 직전 종합소득세·법인세 산출세액(양도소득분 법인세 제외)×6/과세기간 월 수
  ③ 직전 과세연도의 과세표준 ? (소급공제를 받으려는 환급대상기간의 결손금 상당액 × 해당 과세연도의 개월 수 ÷ 6)

(5) 결손금 소급공제 신청기한
환급대상기간이 지난날부터 2개월 이내이다. 즉, 12월말 법인의 경우 7월 1일부터 8월말까지이다. 따라서 법인의 경우 통상적인 경우 중간예납기간과 일치하지만, 개인의 경우에는 중간예납기간이 중간예납기간 종료일로부터 5개월째인 11월임을 고려한다면, 통상의 경우보다 서둘러 7월 부가가치세 확정 신고가 끝나자마지 상반기 결산을 마쳐야 8월 중에 결손금 소급공제 신청이 가능할 것이기 때문에 서두르지 않으면 기한 내 신청할 수 없게 된다. 

(6) 결손금 소급공제 요건
관련 법령은 구체적인 소급공제 요건에 대해 구체적으로 언급하지 않고 있다.
다만, 결손금이 발생하지 않았음에도 소급공제를 받은 것이 밝혀지고 그 과정에 정당한 사유가 없다면, 소급공제를 통해 환급받은 세액에 환급이자상당액을 가산하여 추징한다고 규정되어 있다.
따라서 환급받은 세액에 이자상당액을 가산하여 추징당하지 않으려면 실제로 세법상의 결손금(=필요경비 - 총수입금액 또는 손금 - 익금)이 발생하여야 하고, 결손금이 발생하였음을 확인하는 서류로서 결산재무제표와 함께 외부세무조정이 아니더라도 세무조정계산서 및 조정항목에 대한 부속명세서 및 중소기업 검토표가 필요할 것이다.

(7) 결손금 소급공제 신청방법
납세지관할 세무서장에게 제출하는 방법과 국세청 홈택스 사이트에서 국세청에 제출하는 방법 중 택일하여 신청할 수 있다.
 
(8) 환급세액에 대한 사후 관리
① 환급세액 및 이자상당액 추징
 다음과 같은 사유로 소급공제를 통해 직전기 납부한 세액을 환급받은 경우는 환급세액에 환급세액 통지일 다음 날부터 징수금액 고지일 까지 기간에 대해 1일 10만분의 25의 이자율을 곱하여 계산한 금액 상당액을 가산하여 추징한다.

② 환급세액을 추징하는 경우
   ㉮ 소득세 또는 법인세를 환급 받은 후 환급 신청을 한 내국인의 신청 내용에 탈루 또는 오류 등이 발견됨으로써 결손금이 감소된 경우
   ㉯ 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 대한 소득세 또는 법인세 과세표준과 세액을 「소득세법」 제80조 또는 「법인세법」 제66조에 따라 경정결정 함으로써 환급세액이 감소된 경우
   ㉰ 중소기업에 해당하지 아니하는 내국인이 소득세 또는 법인세를 환급받는 경우
      따라서 소명요구에 따라 과세자료의 소명과정에서 수입금액 누락이나 오류가 발견되는 경우나, 과세대상 기간의 직전연도를 경정 결정함에 따라 결손금이 적어진 경우 

(9) 환급 세액의 정산과 추가환급 및 징수
 ① 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 결손금이 발생한 내국인의 경우
 → 소득세법 제85조의2 또는 법인세법 제72조에 따라 계산된 환급세액과 이미 환급한 세액과의 차액을 징수하거나 추가하여 환급한다.
    다만, 추가환급을 받으려면 중간예납기간 결손금 소급공제 외에 정기분 결산에 따른 결손금 소급공제 신청인 소득세법 제85조의2 및 법인세법 제72조에 따라 결손금 소급공제 신청을 한 경우에 한한다.(조특법§ 8의4⑥)
②  2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 결손이 발생하지 않은 경우
 → 반기 결손금 소급공제신청에 따라 환급된 세액 ※ 이자상당액 가산 없음 
     
(10) 반기 결손금 소급공제신청서 요건의 강제성 여부
결손금 소급공제는 본인이 신청기한 내에 신청을 한 경우에 한정하고 있으므로, 결손금 소급공제를 받기 위해서는 반드시 소급공제신청서의 기한 내 신청은 필수적이다.

 

Ⅱ. 선결제 금액에 대한 세액공제 신설(조특법 제99조의12)

1. 제도의 요지
내국인이 2020년 4월 1일부터 7월 31일까지의 기간 중에 소상공인에게 사업과 관련한 재화·용역을 2020년 12월 31일까지 공급받기 위하여 공급받는 날부터 3개월 이전에 결제하고,  1회 결제한 건당 금액이 100만 원 이상이면서 현금·신용카드 등으로 결제하는 경우에는 선결제 금액의 1%를 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 사업소득에 대한 소득세 또는 법인세에서 세액공제해주는 조세지원으로서 코로나19 제2차 조세지원을 위하여 반기 결손금 소급공제와 함께 2020. 5. 19 일 신설된 제도이다.

 

2. 상세한 내용
(1) 세액공제 대상
내국인이어야 한다. 내국인이란 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말하기 때문에(조특법§ 2①1호), 중소기업이 아닌 중견법인이나 대법인인 경우에도 해당되지만 외국법인의 경우에는 해당되지 않는다. 또한 개인의 경우에는 거주자이면 되므로 외국인이라 할지라도 국내에 주소(주소를 둔 것으로 보는 직업을 갖는 경우 포함)를 두거나 183일 이상 거소를 두게 되면 소득세법상 거주자가 되므로 세액공제 대상이 된다.

(2) 세액공제 대상 선결제 기간 및 선결제 시점
 (가) 선결제 기간
세액공제를 받기 위한 선결제를 할 수 있는 기간은 2020년 4월 1일부터 7월 31일까지 결제한 경우에 한정된다.
 (나) 선결제 시점
 재화나 용역을 공급받기 전 3개월 이전에 선결제가 이행되어야 한다.
(3) 선결제 받을 대상자 및 확인
선결제를 받을 사업자는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인이어야 한다.
구체적으로 말하면 선결제 대상사업자의 규모가 ① 매출액 규모가 중소기업기본법 별표3에서 정하는 소기업에 해당되어야 하고, ② 상시근로자 수가 ㉮ 광업·제조업·건설업 및 운수업은 10명 미만이고 ㉯ 그 밖의 업종은 5명 미만이어야 한다. 이 때 상시근로자의 수가 몇 명인지는 매월 상시근로자의 수를 합계하여 12로 나누어 계산한 수치이다. 특정 월에는 5명이 넘는 경우에도 지난 1년간 평균한 상시근로자 수가 5인 미만이고 수입금액도 소상공인에 해당된다. 그런데 선결제하는 기업으로서는 선결제 대상 사업자가 이에 해당하는지를 정확히 알 수 없음에도 세액공제 신청 시에는 선 결제 받은 사업자가 소상공인임을 입증하는 ‘소상공인확인서’를 제출하여야 한다.
따라서 선 결제를 할 때, 해당 소상공인으로부터 소상공인진흥공단에서 발행하는 소상공인확인서를 받고 선 결제를 할 필요가 있게 된다.

(4) 선 결제 받을 소상공인의 업종 확인 필요 [하단표 참고]
선 결제 받을 소상공인의 업종은 다음 제외 업종을 영위하지 않는 사업자이다. 

(5) 세액공제 대상 선 결제에 대한 재화의 공급시기
 상공인으로부터 재화 또는 용역을 공급받기 전 3개월 이전에 선결제해야 한다. 즉, 선 결제 한 날부터 3개월이 경과된 날부터  2020년 12월 31일 사이에 공급받아야 한다.
따라서 재화 및 용역의 공급이 선 결제를 한 날부터 3개월 이내에 공급되는 경우와 선 결제는 7월 이전에 있었음에도 실제 공급이 없었거나 2020.12.31 이후에 이루어진 경우에는 세액공제 대상 선 결제에 해당되지 않는다.

(6) 선 결제 수단 및 입증서류
① 현금 ② 「여신금융업법」 제2조에 따른 신용카드, 직불카드, 선불카드 ③ 「전자금융거래법」 제2조에 따른 전자지급수단으로 지급하여야 한다.
단순히 위 지급수단으로 지급하면 되는 것이 아니라, 앞에서 열거한 지급수단으로 선 결제하였음을 입증할 수 있는 서류를 갖추어 세액공제 신청 시 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
즉, 현금을 지급한 경우에는 조특세특례제한법 시행령 제126조의 3에 정하는 현금영수증, 「여신금융업법」에 따른 카드를 사용한 경우에는 신용카드 매출전표, 직불카드영수증, 선불카드영수증, 직불전자지급수단, 선불전자지급수단 재화 또는 용역을 공급받은 내역 등을 기재한 선 결제 이용내역확인서 등을 받아야 한다.

(7) 세액공제 대상 선 결제 규모
사업과 관련한 재화 및 용역의 대가로서 1회 결제 건당 금액이 100만 원 이상이어야 한다. 1회 결제금액이 아니고 1회 결제 건당 금액이 100만 원 이상이어야 하므로 100만원 미만의 거래를 여러 건을 합계하여 1회에 결재하는 금액이 100만 원 이상인 경우에는 세액공제 대상이 되지 않는다. 
 
(8) 세액공제시 제출서류
세액공제신청서와 소상공인 진흥공단이 발행한 소상공인확인서 및 선 결제 수단에 따른 관련 확인서 및 재화 및 용역 공급받은 내역 및 선 결제 이용내역 확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(9) 세액공제 금액
공제할 금액 = 선 결제 금액(결제한 날부터 3개월이 되기 전에 공급받은 금액과 2020년 12월 31일까지 공급받지 않은 금액은 제외하되, 소상공인의 휴업이나 폐업으로 인하여 공급받지 못한 금액은 포함한다) × 100분의 1

(10) 최저한세 적용 여부
최저한세 적용대상(조특법 §132①3호 및 ②3호)이다. 따라서 세액공제로 인해 최저한세액에 미달하게 되면, 당해 미달 액에 대해서는 세액공제가 허용되지 않는다.
(11) 세액공제의 이월
세액공제 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나, 앞에서 설명한 법인세 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 대해서는 5년간 이월하여 공제받을 수 있다(조특법§ 144①3). 이월된 세액공제액은 먼저 발생한 것부터 공제한다.

 

3. 사후관리

(1) 결정·경정결정시 다음 사유로 인한 추계조사결정시 세액공제 배제
 ① 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
 ② 기장의 내용이 시설규모, 종업원 수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
 ③ 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

(2) 법정신고기한 내에 무신고 또는 기한 후 신고함에 따른 추계계정을 하는 경우

(3) 다음사유가 있는 경우
 ① 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
 ② 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출·매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우
 ③ 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아  신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우
    ㉮ 제117조 제1항에 따른 신용카드가맹점 가입 요건에 해당하는 법인이 정당한 사유 없이 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점(법인만 해당)으로 가입하지 아니한 경우
    ㉯ 신용카드가맹점이 정당한 사유 없이 제117조 제2항을 위반하여 신용카드에 의한 거래를 거부하거나 신용카드 매출전표를 사실 과 다르게 발급한 경우
    ㉰ 제117조의2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 법인 및 「부가가치세법」 제46조 제4항에 따라 현금영수증가맹점 가입 대상자로 지정받은 법인이 정당한 사유 없이 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우
    ㉱ 현금영수증가맹점이 정당한 사유 없이 현금영수증 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우

세무사신문 제773호(2020.6.2.)

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