거주주택 특례 적용시 양도하는 거주주택 선택 가능 여부

1. 사실관계
○ A주택 : 2018.09. 이전 취득하여 지자체 및 세무서에 임대사업자 등록, 소득령§155⑳에 따른 장기임대주택 요건을 충족하는 것으로 전제
○ B주택 : 2019.4.12. 취득, 2023년 5월 매도, 보유기간 중 2년 이상 거주
○ C주택 : B주택의 매도일에 취득, 취득이후 거주 중
 
2. 질의내용
○ 소득령§155⑳에 따른 장기임대주택 보유시 거주주택 특례를 적용하는 경우 양도하는 거주주택을 선택할 수 있는 지 여부
- 거주주택 특례의 비과세 요건을 충족한 B주택 양도 시 비과세를 적용하지 않고(생애 한 차례 특례 적용 미소진) 향후 C주택 양도 시 비과세 적용가능 여부) 

3. 답변내용
「소득세법 시행령」 제155조제20항에 따른 특례 요건을 갖춘 장기임대주택(A)과 거주주택(B)을 보유한 1세대가 거주주택(B)의 양도일에 일반주택(C)을 취득한 경우로서 양도가액 12억원 상당의 거주주택(B)에 대한 양도차익은 양도소득세가 당연 비과세되는 것으로 해당 양도차익을 납세자 선택에 의해 과세대상으로 신고하고 향후 「소득세법 시행령」제155조제20항에 따른 거주주택 요건을 충족하고 양도하는 일반주택(C)에 대하여 같은 법 같은 영 제155조제20항의 특례를 적용하여 같은 법 같은 영 제154조제1항을 적용할 수 없는 것입니다.

4. 관련법령
□ 소득세법 제89조[비과세 양도소득]
□ 소득세법 시행령 제154조[1세대1주택의 범위]
□ 소득세법 시행령 제155조[1세대1주택의 특례]

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1. 사실관계
○ ’18년 A오피스텔 민간임대주택법상 임대사업자 등록
  - ’20.12월말 자진말소 후 장기일반민간임대주택 사업자로 재등록
○ ’15.9월 B오피스텔 민간임대주택법상 임대사업자 등록 후 ’20.10월 자동말소됨
  - 임대사업자로 재등록하지 않고 임대 중

2. 질의내용
○ (질의1) ‘20.7.11. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 단기민간임대주택(A)을 자진말소하고 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우 조특법§97의3에 따른 장기보유특별공제 적용여부
○ (질의2) 장기임대주택(B)이 자동말소된 이후에도 계속하여 임대하여 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우, 「조세특례제한법」 제97조의4에 따른 추가공제율을 적용받을 수 있는지 여부

3. 답변내용
귀 서면질의의 (질의1)의 경우, 「민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)」에 따른 단기민간임대주택의 임대사업자등록을 「민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것, 이하 “민간임대주택법”)」 제6조제1항제11호에 따라 자진말소 신청하여 임대사업자등록을 말소한 후, ’20.12.31.까지 장기일반민간임대주택으로 새로 등록한 경우로서, 「조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)」 제97조의3의 요건을 충족할 경우, 같은 법에 따른 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용받을 수 있는 것이며, (질의2)의 경우와 같이,  「조세특례제한법」 제97조의4에 따른 추가공제율 적용 시 임대한 기간은 민간임대주택법상 임대사업자등록을 한 상태에서 임대한 기간에 따라 산정하는 것으로, 「민간임대주택법」 제6조제5항에 따라 자동말소된 후 계속하여 임대하더라도, 자동말소일까지 6년 이상 임대기간 요건을 충족하지 못하는 경우에는 「조세특례제한법」 제97조의4의 특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

4. 관련법령 
□ 조세특례제한법 제97조의3[장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례]

세무사신문 제850호(2023.8.17.)