예규 및 판례

■ 과세사업을 위한 타사 주식취득과 관련된 금융자문수수료의 매입세액 공제 여부
※「부가가치세법」 제38조 【공제하는 매입세액】

<질의>
사업자가 과세사업 목적으로 타법인 주식취득과 관련된 금융자문용역을 제공받고 그 대가를 지급하면서 부담한 매입세액 공제 여부

<회신>
사업자가 자기의 과세사업 확장을 통해 시장지배를 강화할 목적으로 타법인 주식취득과 관련하여 외부업체로부터 금융자문용역을 제공받고 자문수수료를 지급하면서 부담한 부가가치세액은 「부가가치세법」 제38조 제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

<회신요지>

사업자가 과세사업 확장목적으로 타법인 주식취득과 관련된 금융자문용역을 제공받고 지출한 수수료 관련 매입세액 공제 여부

■ 주식매수선택권 행사 시 일부 과세특례를 적용받지 않는 주식에 대한 주식매수선택권 행사이익의 납부특례 적용 여부
※ 「조세특례제한법」 제16조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】, 「조세특례제한법 시행령」 제14조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】, 「조세특례제한법」 제16조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】, 「조세특례제한법 시행령」 제14조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】
 

<질의내용>
㈜◎◎◎◎◎◎는 비상장 중소기업이자 벤처기업으로 소속 임직원에게 주식매수선택권을 부여하였으며 임직원은 해당 주식매수선택권을 향후 동일 과세기간에 여러 차례 분할하여 행사함

임직원이 동일 과세기간 내에 주식매수선택권을 분할하여 행사하는 경우 각각의 행사이익에 대해 행사시점에 조세특례제한법상 납부특례 또는 과세특례를 선택하여 달리 적용할 수 있는지 여부 회신

이 서면질의의 경우, 벤처기업 임직원이 부여받은 주식매수선택권 중 일부만 「조세특례제한법」 제16조의4에 따른 과세특례를 선택하여 적용받을 수 있으며, 「조세특례제한법」 제16조의4에 따른 과세특례를 적용받지 아니하여 종합소득세를 신고·납부하여야 하는 경우 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(「조세특례제한법」 제16조의2에 따라 비과세되는 2천만 원 이내의 금액은 제외)에 대한 소득세는 「조세특례제한법」 제16조의3에 따라 납부특례를 적용받을 수 있는 것임

<회신요지>

벤처기업 임원 또는 종업원은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수 선택권 행사이익에 대해 근로소득세 또는 기타소득세를 납부하게 되는 경우(행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우는 제외) 주식매수선택권 행사이익에 대해 납부특례를 적용받을 수 있는 것임 (서면-2019-법령해석소득-1328, 2019. 9. 11.)

국세심판결정사례

「국세기본법」 제26조의2 제1항에서 국세부과 제척기간의 기산일을 ‘국세를 부과할 수 있는 날’로 규정하고 있고, 토지거래허가대상 토지는 허가받은 날부터 국세부과 제척기간의 기산일이 기산되는 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어, 쟁점거래에 대하여 부과제척기간이 이미 도과하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨

※ 「국세기본법」(2009. 2. 6. 법률 제9412호로 개정된 것) 제3조 【세법등과의 관계】, 제26조의2 【국세부과의 제척기간】,「국세기본법 시행령」 제12조의3 【국세부과제척기간의 기산일】, 「소득세법」(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】, 제64조 【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

<판결요지>
가. 부동산매매업자인 청구인은 2009. 2. 19. 토지거래허가 대상인 OO시 OO동 OO-O 토지(이하 ‘쟁점토지’)를 OO원에 취득하여, XXX에 △△원에 양도하기로 하고, 2009. 10. 30. 대금청산(이하 ‘쟁점거래’)하였으나 소유권이전등기와 종합소득세 신고는 하지 못한 채, 다음날 YYY에 쟁점토지를 신탁등기 하였음.

나. 쟁점토지에 대한 토지거래허가 지정이 해제되어, 2013. 6. 24. 쟁점토지의 소유권이 양수인에게 이전되었음에도 청구인의 종합소득세 신고가 없자, 처분청은 2019. 3. 12. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세 OO원을 고지하였음.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019. 5. 30. 심판청구를 제기하였음.
   (1) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 청구인이 쟁점토지를 취득하여, 이 건 심판청구를 제기할 때까지의 경과는 다음과 같음.

<쟁점>
이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 특례규정이 양도소득에 대하여만 적용되는 것으로 사업소득이 발생한 쟁점거래에는 적용될 수 없기 때문에, 이 건 처분 당시 쟁점거래에 대한 부과제척기간은 이미 도과하였다고 주장하나, 토지거래허가대상 토지는 허가받기 전에는 매매의 효력이 없고, 그 조건이 성취(허가·해제)된 날에 비로소 매매의 효력이 발생하여 과세사실이 확정되는 바(조심 2015서4515, 2016. 1. 27. 같은 뜻임), 이러한 매매의 효력은 세법상 소득구분(양도소득 또는 사업소득)에 따라 달리 판단할 것이 아닌 이상, 사업소득(부동산매매업자)에 해당한다 하여 달리 취급될 수 없는 점, 민·사법상 매매(토지거래)의 효력이 인정되지 않는 이상, 세법상 특례규정 유무와 관계없이 허가받기 전에는 신고 자체가 불가한 바, 특례규정은 매매의 효력에 따른 사후적·결과적 규정일 뿐, 규정이 있다하여 신고가 늦춰지고, 없다하여 늦춰지지 않는 것이 아닌 점, 동일한 부동산매매차익에 해당함에도 소득세법상 소득구분을 달리함에 따라 나타나는 조세불형평 문제를 해소하기 위해 사업소득 중 부동산매매차익에 대하여는 광범위하게 양도소득의 규정을 준용하고 있는 점을 고려하면, 쟁점규정의 준용범위에 특례규정도 포함된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이고, 설령 쟁점규정을 문리 해석하더라도, 결정·경정(부과권)에 대하여는 양도소득세의 관련 규정을 준용한다고 명시적으로 규정하고 있는 점, 국세기본법은 소득세법 등 개별세법에 우선하여 적용되는데, 「국세기본법」 제26조의2 제1항에서 국세부과 제척기간의 기산일을 ‘국세를 부과할 수 있는 날’로 규정하고 있고, 토지거래허가대상 토지는 허가받은 날부터 국세의 부과가 가능하므로, 허가받은 날부터 국세부과 제척기간의 기산일이 기산되는 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어, 쟁점거래에 대하여 부과제척기간이 이미 도과하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.

출처 : 월간 ‘국세’

세무사신문 제762호(2019.12.16.)